一、正确认识诉讼时效与起诉期限的区别

诉讼时效是民法上的概念，人民法院不应当主动审查。而对于行政诉讼起诉期限，人民法院应当依职权进行审查，不用等待当事人的申请，也不必基于当事人的抗辩。

二、行政诉讼起诉期限的起算点

行政诉讼法规定的起诉期限是从行政相对人知道或者应当知道行政行为之日起开始计算，而不是从知道或应当知道行政行为违法之日起开始计算。因此，当事人知晓行政行为内容后，应当在法定期限及时提起诉讼，以免因法律认识上的误解而丧失诉权。

三、行政机关未告知起诉期限的，起诉期限由2年变为1年

已废止的《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》规定：“行政机关作出具体行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织诉权或者起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过２年。”新解释第六十四条将其改为：“行政机关作出行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道行政行为内容之日起最长不得超过1年。”之所以这样修改，一方面是为了敦促当事人及时启动权利救济程序，及早解决行政纠纷，使不确定的行政法律关系尽快确定下来，从而实现行政管理的效率；另一方面是为了防止时间过久，导致证据缺失，致使案件事实难以查清，不利于保护行政相对人的合法权益。

四、不知道行政机关作出行政行为的最长保护期限未变

新解释第六十五条规定：“对于公民、法人或者其他组织不知道行政机关作出的行政行为内容的，其起诉期限从知道或者应当知道该行政行为内容之日起计算，但最长不得超过行政诉讼法第四十六条第二款规定的起诉期限。”行政诉讼法第四十六条第二款规定：“因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。”也就是说，涉及不动产案件的最长保护期为20年，其他案件为5年。但是需要注意的是，新解释第九条将不动产案件界定为“因行政行为导致不动产物权变动而提起的诉讼。”因此，对于其他与不动产有关的行政行为，想利用20年保护期进行起诉已不可能。

适用20年或者5年最长保护期限规定的前提，是当事人既不知道起诉期限，也不知道行政行为的内容。如果当事人在此期间已经知道了行政行为的内容，那么起诉期限就要从知道行政行为之日起计算，不再适用最长起诉期限。

五、对行政不作为的起诉期限明确为6个月

行政诉讼法第四十七条规定：“公民、法人或者其他组织申请行政机关履行保护其人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关在接到申请之日起两个月内不履行的，公民、法人或者其他组织可以向人民法院提起诉讼。法律、法规对行政机关履行职责的期限另有规定的，从其规定。”该条只规定了起诉期限的起算时间，由于行政机关不履行法定职责当然也不会告诉行政相对人起诉期限，因此在实践中对行政不作为是否可以适用2年起诉期限的存有争论。

新解释第六十六条对此予以明确：“公民、法人或者其他组织依照行政诉讼法第四十七条第一款的规定，对行政机关不履行法定职责提起诉讼的，应当在行政机关履行法定职责期限届满之日起6个月内提出。”所以，对于依申请的行政不作为，最高人民法院认为只能适用6个月的起诉期限，而不能适用2年的起诉期限。

六、认可了对无效行政行为没有起诉期限的限制

对于请求确认行政行为无效，是否受到起诉期限的限制，实践中一直存在争议。最高人民法院曾在判决中认为根据一般诉讼原理，请求确认行政行为无效，仍须于适当期间内提起，如果时过境迁又重提旧事，则难以维持法律秩序的安定，并不无滥用诉权之嫌疑，因此可以适用起诉期限的规定。

新解释虽然没有明确规定请求确认行政行为无效是否受起诉期限的限制，但是第九十四条第二款规定：“公民、法人或者其他组织起诉请求确认行政行为无效，人民法院审查认为行政行为不属于无效情形，经释明，原告请求撤销行政行为的，应当继续审理并依法作出相应判决；原告请求撤销行政行为但超过法定起诉期限的，裁定驳回起诉；原告拒绝变更诉讼请求的，判决驳回其诉讼请求。”该条规定的内在逻辑是建立在请求撤销与请求确认无效的起诉期限不同的基础上，而新司解释又没有规定确认无效的起诉期限，但德国、日本和我国台湾地区等已经将行政诉讼类型化的国家或地区均将起诉期限主要适用于撤销之诉，确认无效之诉不受时效限制。因此，可以理解为新解释已经认可了确认无效之诉不适用起诉期限的理论。该条还要求，人民法院对是否属于无效行政行为的情形，应当主动审查释明，防止当事人以起诉确认行政行为无效而规避起诉期限，滥用诉权。

另外，新解释第一百六十二条又规定：“公民、法人或者其他组织对2015年5月1日之前作出的行政行为提起诉讼，请求确认行政行为无效的，人民法院不予立案。”也可以印证该司法解释认可了大陆法系国家对确认无效之诉，不受时效限制的理论。但是最高人民法院出于现实考虑，又规定了只对2015年5月1日之后做出的无效行政行为，不受起诉期限的限制。

七、当事人在民事诉讼中对行政行为提出异议的，行政诉讼起诉期限可以扣除

最高人民法院行政庭《关于权利人在民事诉讼中对行政行为提出异议行政诉讼起诉期限是否应当扣除的答复》明确，对于行民交叉案件，权利人在提起民事诉讼过程中，对被诉行政行为提出异议的，可视为其主张权利。民事案件进入审理阶段，行政诉讼的起诉期限可从民事裁判文书生效之日起从重新计算。

八、当事人因申诉信访等行为耽误的期间不属于法定应扣除的期间

当事人单方向有关部门申诉信访，因申诉信访耽误的期间，属于当事人自身放弃通过法定诉讼途径解决争议耽误起诉期限的情形，不属于行政诉讼法第四十八条规定的应予扣除的情形。