一、判断条件不同

（一）异常凭证按税务总局公告2016年第76号规定

依序判断：1. 先确认开票方为走逃（失联）企业；2. 再确定违规情形；3. 违规情形对应属期开具的增值税专票列入异常凭证范围。

（二）善意取得虚开专票按国税发[2000]187号规定

四个并列条件，缺一不可：1. 真实交易2. 销方本省专票3. 票实相符4.无证据表明购方知道销方专票是非法获得。

否则，即为非善意取得：如条件1为假，则按国税发[1997]134号第一条处理；如条件2不符，则按国税发[1997]134号第二条、国税发[2000]182号第二条处理；如条件3不符，则按国税发[2000]182号第一条处理；如条件4有假，则按国税发[1997]134号第一条、国税发[2000]182号第三条处理。

二、该份专票处理不同

列入异常凭证的这份专票，其本身可能仍会获得抵扣。所以，即使列入了异常凭证，仍要及时勾选认证；而善意取得的这份专票本身已不得作为合法有效的抵扣凭证。

三、其他不同见下表

四、异常凭证可能会转化为善意取得虚开专票

如果税务机关查实走逃（失联）企业属于虚开发票，购买方取得的异常凭证，就要按国税发[1997]134号、国税发[2000]182号、国税发[2000]187号来判定为善意取得或非善意取得。

五、均不加收滞纳金

国家税务总局公告2016年第76号规定，增值税一般纳税人取得异常凭证，尚未申报抵扣或申报出口退税的，暂不允许抵扣或办理退税；已经申报抵扣的，一律先作进项税额转出。按76号文件理解，只需在接到税务机关通知的当月作不抵扣或进项转出处理，未规定加收滞纳金。

国税函[2007]1240号规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。

六、企业所得税税前扣除处理

异常凭证能作为税前扣除凭证。异常凭证是尚未定性的票据，是否违规有待核查。对于增值税来说，仅不符合增值税“以票控税”的形式要件而暂时不得抵扣，且异常凭证本身能否继续作为增值税抵扣凭证，也是待定。

对于企业所得税来说，只要异常凭证尚未被定性为违规，仍是合法有效的票据。因为按征管法、发票管理办法及企业所得税税前扣除凭证管理办法来理解，只是不符合规定的发票，形式、来源确定为违规的，才不是合法有效的。只有在税务机关证明异常凭证为虚开后，才不能作为税前扣除凭证。

但是，异常凭证所记载的购进业务能否税前扣除，取决于该笔业务是否真实，是否为企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出。异常凭证不能决定该笔购进业务能否税前扣除。

善意取得虚开的专票不能作为税前扣除凭证。因为虚开的专票不是合法有效凭证。征管法第十九条规定，纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账簿，根据合法、有效凭证记账，进行核算。发票管理办法规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证。国家税务总局公告2018年第28号规定，税前扣除凭证在管理中遵循真实性、合法性、关联性原则。合法性是指税前扣除凭证的形式、来源符合国家法律、法规等相关规定。

但是，善意取得虚开的专票所记载的购进业务能否税前扣除，取决于该笔业务是否真实，是否为企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出。善意取得虚开的专票不能决定该笔购进业务能否税前扣除。

实务中，税务机关对企业所得税的税前扣除仍有“以票控税”的惯性思维，没有合规发票这一形式要件就不得税前扣除。但在司法判例中，发票不是证实该笔支出是否实际发生、是否与取得收入有关合理的唯一要件，唯票扣除的败诉案例较多。